それからちょうどその教育勅語の煥発せられた頃より東京大学に教授となって教鞭を執り、三十三年間継続し、その間、宗教に関しては仏教を中心として比較宗教を講じ、哲学の側においては東洋哲学史とともに西洋哲学史を講じ、殊にカントとショーペンハウエルとを講じたのである。そのように、西洋哲学としては主としてドイツの哲学を紹介し、かつこれを学生に教えこんだのである。しかして哲学およびその他精神科学研究のために西洋に派遣せらるる留学生には主としてドイツに往くことを勧誘したのである。わが国においてドイツ哲学の重要視せらるるようになったのは自分らの努力によることが多大である。もっとも明治二十年に来朝したブッセなどもこのことに関係がなかったとはいえない、それまでの英、米哲学を本位にしておったのとは非常に形勢が変ってきた、殊に大学およびその他講壇の側において然るのである。それで、明治二十三年は諸種の方面からみて、哲学史上一時期を劃していると思われる。